Đặc vụ Twilight, một đặc vụ chìm nổi tiếng, được giao một nhiệm vụ quan trọng là thu thập thông tin tình báo về một chính trị gia nổi tiếng ở thành phố Berlint thuộc Ostania, Donovan Desmond. Tuy nhiên, đây chứng tỏ là nhiệm vụ thách thức nhất của anh ấy, vì Desmond hiếm khi xuất hiện công khai tại trường học của con trai mình: Học viện Eden. Lấy tên là “Loid Forger”, anh ấy đã tạo ra một gia đình với Yor Briar là vợ và Anya là con gái nuôi của anh ấy, hy vọng sẽ tiến gần hơn đến mục tiêu của mình bằng cách đăng ký Anya vào Học viện. Anh ấy không biết rằng việc sống trong một gia đình hoàn hảo không hề dễ dàng như mọi người vẫn tưởng, nhất là khi bạn có một người vợ là sát thủ chết người và một cô con gái có thể đọc được suy nghĩ. Che giấu danh tính của họ với nhau, câu chuyện lừa dối và gia đình sắp bắt đầu!
Tòa án thứ 2 của SPYxFamily sẽ tiếp tục nơi anime đã dừng lại. Anime sẽ cho thấy Loid đảm nhận một nhiệm vụ mới: ngăn chặn một cuộc tấn công đánh bom khủng bố, như được hiển thị trong đoạn giới thiệu chính thức được cung cấp bởi Crunchyroll dưới đây hai tháng trước.